Kaišiadorių r. Rumšiškių Antano Baranausko gimnazijos organizacinę struktūrą sudaro du valdymo lygmenys: nuolatinis ir savivalda.
Gimnazijoje nuolatinis valdymas organizuojamas dviem lygmenimis: pirmasis valdymo lygmuo – direktorius, antrasis – direktoriaus pavaduotojai ugdymui, direktoriaus pavaduotojas ūkio ir bendriesiems reikalams.
Veikia savivaldos institucijos: Gimnazijos taryba , Mokytojų taryba , Mokinių savivalda